蛋白质测序，主要指的是蛋白质的一级结构的测定。蛋白质的一级结构(Primary structure)包括组成蛋白质的多肽链数目。很多场合多肽和蛋白质可以等同使用。多肽链的氨基酸顺序，它是蛋白质生物功能的基础。

    1、确定蛋白质的纯度在97%以上。
    2、测定多肽链的数目。
    3、拆分多肽链。
    4、分析每一条多肽链的氨基酸组成。
    5、鉴定多肽链的N—末端和C—末端氨基酸残基。
    6、用两种以上方法裂解多肽链成较小的肽段。
    7、测定各肽段的氨基酸序列。
    8、拼接各肽段成完整的多肽链。
    9、确定二硫键的位置。