柱温箱用于使柱温度保持一定，其温度调节方式大致分来有以下这三种：
1、空气循环式
2、液浴式(水夹套式)
3、模块加热式
不论在何种分析中，当然都要求有①稳定性高，②灵敏度高，③重现性好。
分析的重现性·柱效率
在液体色谱法中，支配在柱内之分离的方式有①分配，②吸附，③离子交换，④尺寸排除等。这些方式在于化学性的或者物理性的平衡状态，也依存于温度。因此，通过稳定地保持柱温，可使平衡稳定化，在试样的分离，选择性，以及保留时间上得到良好的重现性。一般来说，由于与ODS柱等分析方式的柱相比，离子交换柱更易于受到温度影响，因此温度调节更为重要。
柱的压力
随着温度的升高，液体的粘度将降低。因此，通过在高于室温的温度下进行分析，可以降低柱入口处的压力，控制给柱带来的负担。尤其是在采用了耐压性低的聚合物系填料时，请注意在室温下将流量放低。
分析的温度稳定性
示差检测器、电化学检测器、电导度检测器等一些检测器容易受到温度变化的影响，一旦由于室温变化使流动相温度变化，则基线将偏移或弯曲，不能进行稳定的分析，通过使柱温保持一定，也就是使流入检测器内的移动相温度保持一定，从而能够有稳定的分析。根据各种检测器的不同，也有在柱温箱内装设有检测部分，提高部件的稳定性。
同时，在流动相以数十秒的高速通过柱时，由于仅靠柱温箱不能使移动相充分地保持一定温度，因此出于辅助的意义，需要在进样器与柱温箱之间的流路上安装予加热器。另外，也有将进样器安装在柱温箱内的。

通过采用柱温箱，可以得到各种不同的效果。但是需要注意的是，如果将温箱温度提得过高，则会缩短柱的寿命，有时候会使柱的分离选择性变差。