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Spike-in RNA Variant Control Mixes (SIRVs)
Spike-in RNA Variant Control Mixes (SIRVs)图片
品牌: Lexogen


半岛bd体育手机客户端 介绍

添加对照组对于RNA-Seq实验的工作流程和平台性能的评估是必不可少的。然而,现有的外部RNA对照一般都是单外显子和非变异体,显著的限制了他们反映的真核生物转录的本质。而转录本对于它的特点包括广泛的剪接、替代和反义转录、重叠基因以及罕见的事情如融合基因的形成。如果不知道转录本内参的复杂性,RNA制备、文库生成、测序和生物信息学算法是无法对整个测序的表现进行充分的评估。
为了解决这个问题,Lexogen设计了Spike-In RNA Variants(SIRVs),在Next Generation Sequencing(NGS)中对mRNA的亚型进行定量。SIRVs是一组69的人工转录变异,是一组模仿7个人类模型的基因。它们是由另外的亚型结合的,全面反映了选择性剪接、可变剪切转录的开始和结束点、重叠基因、反义转录本。基因定位、亚型集合和定量可以被准确的评估出来,使得实验数据和结果相一致。
SIRV最重要的功能是可以准确评估RNA测序中转录组的亚型表现,另外SIRVs的正确注释,注释不足和过度注释提供给NGS数据求值算法可以使测试的结果更稳定的接近于“实际情况”。
SIRVs可以与任何RNA-Seq方法相结合,从细胞的提取物或纯化的RNA,到NGS平台(Illumina公司, Life Technologies,PacBio,Oxford Nanopore...)都可以与之结合。由于SIRV的RNA聚腺苷酸化,文库准备可以从 poly(A)中选择片段,也可以从总RNA、depleted RNA等开始。SIRV混合物也可以在芯片平台和qPCR检测上进行定量。
SIRVs的设计包括7个仿制人类副本的合成基因,多达18个转录本变异,且每种代表着可变剪切、不同的启动子、不同 poly(A)位点的使用、重叠基因和反义转录本。自发的、带有注释的变异体是合理的设计补充,它提高了7个 SIRV基因的拼接和转录变化方面的复杂性和全面性。SIRVs提供了3种SIRV mixes,它们是根据SIRV RNAs不同的两个数量级的摩尔比所得到的。
SIRVs可以作为细胞粗提取物、纯化的总RNA、rRNA的depleted RNA或 poly(A)中被富集的RNA以及单外显子ERCC的对照。由于它们的序列是不相同的基因组和转录组数据库条目,他们可以与几乎任何生物中提取的RNA相结合。

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